日本固有のオオカミのうち、本州・四国・九州に分布していたものは、ニホンオオカミ(Canis lupus hodophilax または Canis hodophilax)と呼ばれる。大きさは中型の日本犬ぐらいで、毛色は白茶けており、夏と冬では毛色が変わったとされる。
[[ニホンオオカミ]]は[[1905年]]([[明治]]38年)に[[奈良県]][[東吉野村]]鷲家口(わしかぐち)にて捕獲された若いオスの個体を最後に目撃例がなく、ニホンオオカミは1905年(明治38年)に奈良県東吉野村鷲家口(わしかぐち)にて捕獲された若いオスの個体を最後に目撃例がなく、'''絶滅したと見られる。'''「[[1910年]](明治43年)8月に[[福井城]]址にあった農業試験場(松平農試場)で捕獲されたイヌ科動物がニホンオオカミであった」との論文が発表された「1910年(明治43年)8月に福井城址にあった農業試験場(松平農試場)で捕獲されたイヌ科動物がニホンオオカミであった」との論文が発表された<ref>{{Cite journal |和書 |author1=[[吉行瑞子]] |author2=[[, 今泉吉典]] |url=, http://www.geocities.jp/canisyagi/science/fukui.html |title=, 福井城内で射殺されたニホンオオカミ |journal=, ANIMATE |volume, volum=4 |publisher=, 農大動物研究会 |date=, 2003年 |archiveurl=, https://web.archive.org/web/20190330042338/http://www.geocities.jp/canisyagi/science/fukui.html |archivedate=, 2019-03-30 |accessdate=, 2019-05-06}}</ref><ref name="asa">{{Cite news |archiveurl=https://megalodon.jp/2007-1006-2236-27/mytown.asahi.com/fukui/news.php?k_id=19000130701090001 |archivedate=, 2007-10-06 |url=, http://mytown.asahi.com/fukui/news.php?k_id=19000130701090001 |newspaper=, マイタウン福井 |title=, 最後のニホンオオカミ 福井市(6) |publisher=, 朝日新聞社 |date=, 2007-01-09}}</ref>が、この個体は[[標本]]が現存していない([[福井空襲]]により焼失。写真現存)ため、最後の例と認定するには学術的には不確実であるが、この個体は標本が現存していない(福井空襲により焼失。写真現存)ため、最後の例と認定するには学術的には不確実である<ref name="asa"/>。
ニホンオオカミの標本は、頭骨はある程度残っているが、[[剥製]]や全身骨格の標本が極めて少なく、日本国内では数点しか知られていない。日本国外では、鷲家口で捕獲された個体の仮剥製と頭骨が、[[ロンドン自然史博物館]]に保管されている<ref>{{Cite web |url=http://piclib.nhm.ac.uk/results.asp?image=011282 |title=Canis lupus hodophilax, Japanese wolf |website=Natural History Museum Picture Library |archiveurl=https://web.archive.org/web/20160305202329/http://piclib.nhm.ac.uk/results.asp?image=011282 |archivedate=2016-03-05 |publisher=The Trustees of the Natural History Museum, London |accessdate=2019-05-06}}</ref>。また、[[フィリップ・フランツ・フォン・シーボルト|シーボルト]]が長崎の[[出島]]で飼育していたニホンオオカミの剥製1体が、[[オランダ国立自然史博物館]]に保存されている。