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[[太平洋戦争]]前後の食料不足の中で食用にされたこともあり後の食料不足の中で食用にされたこともあり<ref>2009年3月1日、京都府[[亀岡市]]で開催されたガレリアかめおか開館10周年記念事業「～ダイナミックかめおか～丹波学トーク64」における兵庫県立コウノトリの郷公園主任研究員・[[兵庫県立大学]]自然・環境科学研究所准教授の大迫義人の発言から。{{Full citation needed |date=20192009年3月1日、京都府亀岡市で開催されたガレリアかめおか開館10周年記念事業「～ダイナミックかめおか～丹波学トーク64」における兵庫県立コウノトリの郷公園主任研究員・兵庫県立大学自然・環境科学研究所准教授の大迫義人の発言から。<sup>（''要出典、2019-03-29 |title=この発言が、何らかの文献に掲載されているのでしたら、その書誌情報を記入してください。そうでないなら、出典としては無効です。}}29、この発言が、何らかの文献に掲載されているのでしたら、その書誌情報を記入してください。そうでないなら、出典としては無効です。''）</sup></ref>、{{要出典範囲|1956年には20羽にまで減少してしまった。ちなみにこのコウノトリの減少の原因には化学農薬の使用や[[減反政策]]がよく取り上げられるが、日本で農薬の使用が一般的に行われるようになったのは1950年代以降、減反政策は1970年代以降の出来事であるため時間的にはどちらも主因と断定しにくく、複合的な原因により生活環境が失われたと考えられる|date=2017年12月}}<sup>（''要出典範囲、1956年には20羽にまで減少してしまった。ちなみにこのコウノトリの減少の原因には化学農薬の使用や減反政策がよく取り上げられるが、日本で農薬の使用が一般的に行われるようになったのは1950年代以降、減反政策は1970年代以降の出来事であるため時間的にはどちらも主因と断定しにくく、複合的な原因により生活環境が失われたと考えられる、2017年12月''）</sup>。
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日本では元々は広域に分布していた<ref name="oosako" /><ref name="ezaki_b" /><ref name="komiya_b" />。19世紀には江戸市中でも繁殖していた記録がある<ref name="takeshita" /><ref name="ezaki_b" />。古文書から葛西の樹上・青山や蔵前の寺院の屋根で営巣していたとする記録がある<ref name="komiya_b" />。カール・ハーゲンベックも[駿府城の樹上や、横浜市で飛来していたのを目撃したと記録している<ref name="komiya_b" />。明治時代に乱獲により激減し<ref name="takeshita" /><ref name="komiya_b" />、日本での繁殖個体群は兵庫県但馬地区と福井県若狭地区の個体群を除いて絶滅した<ref name="oosako" />。但馬地区（豊岡市周辺）では出石藩であった頃に藩主により本種が霊鳥として保護されていたことから保護意識があり、絶滅を免れたとされている<ref name="komiya_b" />。1908年には禁猟とされ、1921年には生息地が天然記念物に指定された<ref name="ezaki_b" />。1930年の但馬地区での生息数は最大で約100羽と推定されている<ref name="naito_ikeda" /><ref name="ezaki_b" /><ref name="komiya_b" />。第二次世界大戦中に営巣地であった松林が松根油を採取するために伐採されたことや、食糧増産のための水田を荒らす害鳥として駆除されたことにより豊岡市周辺でも生息数が激減した<ref name="komiya_b" />。
第二次世界大戦以降は水銀系農薬による獲物の減少や繁殖力の低下（1960年代に変死例・繁殖の失敗が増加したこと、捕獲後に死亡した個体から大量の水銀が検出されたため）、近親交配により生息数が減少した<ref name="oosako" /><ref name="takeshita" /><ref name="naito_ikeda" /><ref name="ezaki_b" /><ref name="komiya_b" />。1953年に種として天然記念物、1956年に特別天然記念物に指定された<ref name="ezaki_b" /><ref name="komiya_b" />。
