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明治12年（1879年）1月、明治天皇臨幸を契機として神仏分離により善光寺年神堂（歳神堂）を善光寺境内から現在地に遷座し、神名帳記載の「健御名方富命彦神別神社」に改称した。なお、当地に移ったのは祭神のみで、旧年神堂の本殿は守田迺神社に移築された。

長野市箱清水に鎮座する神社。善光寺の「奥の院」と言われる。祭神は建御名方富命彦神別命、相殿に大宜都姫命。境内内由緒書きは以下の通り。