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[[1965年]]から野生個体の捕獲と、飼育下で繁殖させる試みが進められるようになった1965年から野生個体の捕獲と、飼育下で繁殖させる試みが進められるようになった<ref name="ezaki_b" /><ref name="komiya_b" />。捕獲された個体は短期間で死亡する個体が多く、闘争による死亡やケージなどの問題、前述した大量の[[水銀]]が体内から検出されたことが影響していると考えられている。捕獲された個体は短期間で死亡する個体が多く、闘争による死亡やケージなどの問題、前述した大量の水銀が体内から検出されたことが影響していると考えられている<ref name="komiya_b" />。[[1971年]]に豊岡市で野生個体を捕獲したことで、日本産の個体群は野生絶滅した。1971年に豊岡市で野生個体を捕獲したことで、日本産の個体群は野生絶滅した<ref name="ezaki_b" />（この個体は捕獲後1か月で死亡している）<ref name="komiya_b" />。1966年に初めて[[神戸市立王子動物園]]が、以後は1972年に[[多摩動物公園]]、1978年に[[大阪市天王寺動物園]]などで、中華人民共和国産の個体を導入して繁殖させる試みが進められた。1966年に初めて神戸市立王子動物園が、以後は1972年に多摩動物公園、1978年に大阪市天王寺動物園などで、中華人民共和国産の個体を導入して繁殖させる試みが進められた<ref name="komiya_b" />。
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1961年5月25日頃の福井県小浜市羽賀で2羽が巣立ち<ref>巣立った二羽のヒナ 小浜 天然記念物「コウノトリ」, 1961-5-30, 読売新聞</ref><ref>ヒナを巣立たせる 小浜湯ノ山の｀コウノトリ夫婦、地元の人たちに見守られ, 1961-5-30, 産経新聞</ref>、これが野生絶滅前最後の巣立ちとなった。<sup>（''要出典範囲、1962年に文化財保護法に基づき兵庫県と福井県が「特別天然記念物コウノトリ管理団体」の指定を受けた、2016年2月''）</sup>。1964年5月には福井県小浜市栗田で2羽の雛が孵化したが、この雛は2羽とも5月17日に死亡が確認された<ref>小浜のコウノトリ ひな二羽死ぬ 犯人はトンビ？, 1964-5-18, 毎日新聞</ref><ref>二羽とも死ぬ 小浜 コウノトリのヒナ, 1964-5-18, 福井新聞</ref><ref>ヒナ二羽とも死ぬ コウノトリ 犯人はトンビか 小浜市, 1964-5-18, 朝日新聞</ref><ref>ヒナ二羽死ぬ 福井のコウノトリ, 1964-5-18, 産経新聞</ref>。
{{要出典範囲|国内の野生最後の生息地の一つである福井県[[武生市]]に1970年12月2日に飛来した雌の一羽（コウちゃん）は、嘴を損傷しており、満足に餌を採ることができない状態で衰弱が激しかった為に保護され、1971年2月28日に豊岡市のコウノトリ飼育場に移送された。「武生」と改名されたその一羽は2005年6月20日まで生き、34年という国内最長飼育記録を建てると共に、115個の卵を産んだが、成長したのは雌の「紫」一羽のみだった。|date=2017年12月}}
