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日本では[[関東地方|関東]]・[[中部地方]]において[[秩父市|秩父]]の[[三峯神社]]や[[奥多摩]]の[[武蔵御嶽神社]]でオオカミを[[眷属]]として祀っており、山間部を中心とした狼信仰が存在する{{efn2|ただし'''[[ヤマイヌ]]'''と呼んだ上でのニホンオオカミ以外のイヌ科動物との混同、未分類のままの崇拝も見られる。}}。オオカミを「大神」と当て字で表記していた地域も多い。日本各地に残る[[送り犬]]の伝承はニホンオオカミの習性を人間が都合の良く解釈したという説がある。
眷属としてのオオカミの[[ご利益]]は山間部においては五穀豊穣や獣害よけ、都市部においては火難・盗賊よけなどで、19世紀以降には[[憑依|憑き物]]落としの霊験も出現する。眷属信仰は[[江戸時代]]中期に成立し、[[幕末]]には[[1858年]]（[[安政]]5年）に[[コレラ]]が大流行し、コレラは[[外国人]]により持ち込まれた悪病であると考えられ、憑き物落としの霊験を求め眷属信仰は興隆した。そのため憑き物落としの呪具として用いられる狼遺骸の需要が高まり、また同時期に流行した[[狂犬病]]や[[ジステンパー]]の拡大によって狼の獣害も発生し、'''明治以降、家畜を襲う[[害獣]]として懸賞金まで懸けられた徹底的な駆除などの複合的な原因によって絶滅したと思われている。'''
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ニホンオオカミの標本は、頭骨はある程度残っているが、剥製や全身骨格の標本が極めて少なく、日本国内では数点しか知られていない。日本国外では、鷲家口で捕獲された個体の仮剥製と頭骨が、ロンドン自然史博物館に保管されている<ref>http://piclib.nhm.ac.uk/results.asp?image=011282, Canis lupus hodophilax, Japanese wolf, Natural History Museum Picture Library, https://web.archive.org/web/20160305202329/http://piclib.nhm.ac.uk/results.asp?image=011282, 2016-03-05, The Trustees of the Natural History Museum, London, 2019-05-06</ref>。また、シーボルトが長崎の出島で飼育していたニホンオオカミの剥製1体が、オランダ国立自然史博物館に保存されている。
{{Main|エゾオオカミ}}
