『古事記』では、神武天皇の神武東征において大和地方の豪族である[[長髄彦|那賀須泥毘古]]が奉じる神として登場する。那賀須泥毘古の妹の[[ミカシキヤヒメ|登美夜毘売]](『日本書紀』では'''三炊屋媛'''という)を妻とし、[[ウマシマジ|宇摩志麻遅命]]をもうけた。宇摩志麻遅命は、[[物部氏|物部連]]、穂積臣、采女臣の祖としている。[[神武天皇|神倭伊波礼毘古]](後の[[神武天皇]])が東征し、それに抵抗した那賀須泥毘古が敗れた後、神倭伊波礼毘古が[[天照大神]]の子孫であることを知り、神倭伊波礼毘古のもとに下った。
『日本書紀』などの記述によれば、神武東征に先立ち、天照大神から[[十種の神宝]]を授かり天磐船(あまのいわふね)に乗って[[河内国]]([[大阪府]][[交野市]])の河上哮ケ峯(いかるがみね)の地(現在のを授かり天磐船(あまのいわふね)に乗って河内国(大阪府交野市)の河上哮ケ峯(いかるがみね)の地(現在の[[磐船神社 (交野市)|磐船神社]]周辺の一帯地と考えられている)に降臨し、その後[[大和国]]([[奈良県]])に移ったとされている。これらは、周辺の一帯地と考えられている)に降臨し、その後大和国(奈良県)に移ったとされている。これらは、[[ニニギ|瓊瓊杵尊]](ニニギノミコト)の天孫降臨説話とは別系統の説話と考えられる。また、有力な氏族、特に祭祀を司どる物部氏の祖神とされていること、神武天皇より先に[[大和]]に鎮座していることが神話に明記されていることなど、ニギハヤヒの存在には多くの重要な問題が含まれている。[[大和|大和地方]]に神武天皇の前に出雲系の王権が存在したことを示すとする説や、大和地方に存在した何らかの勢力と物部氏に結びつきがあったとする説などもある。(ニニギノミコト)の天孫降臨説話とは別系統の説話と考えられる。また、有力な氏族、特に祭祀を司どる物部氏の祖神とされていること、神武天皇より先に大和に鎮座していることが神話に明記されていることなど、ニギハヤヒの存在には多くの重要な問題が含まれている。大和地方に神武天皇の前に出雲系の王権が存在したことを示すとする説や、大和地方に存在した何らかの勢力と物部氏に結びつきがあったとする説などもある。
『[[先代旧事本紀]]』では、[[天火明命]](アメノホアカリ)とニギハヤヒは同一神とされる。