アポローンという名前は、関連する古い名前ペーン(Paean)と異なり、一般にリニアB(ミケーネ時代のギリシャ語)のテキストには見あたらない。しかし、KN E 842年版の[pe-rjo-]という拉致形があり<ref>R. S. P. Beekes, ''Etymological Dictionary of Greek'', Brill, 2009, p. 118.</ref><ref>Internationale Archäologie, Apollon Delphinios – Apollon Didymeus: Zwei Gesichter eines milesischen Gottes und ihr Bezug zur Kolonisation Milets in archaischer Zeit, Alexander Herda, https://www.academia.edu/515462, page16, 2008, volume:Arbeitsgemeinschaft, Symposium, Tagung, Kongress. Band 11: Kult(ur)kontakte. Apollon in Milet/Didyma, Histria, Myus, Naukratis und auf Zypern. Akten des Table Ronde in Mainz vom 11.–12. März 2004, isbn:978-3-89646-441-5</ref><ref>DĀMOS: Database of Mycenaean at Oslo, http://www.hf.uio.no/ifikk/english/research/projects/damos/, University of Oslo. Department of Philosophy, Classics, History of Art and Ideas, chapter:KN 842 E, https://www2.hf.uio.no/damos/Index/item/chosen_item_id/775, 15 December 2014, 15 December 2016, https://web.archive.org/web/20161215135205/http://www.hf.uio.no/ifikk/english/research/projects/damos/</ref>、実際には「ハイペリオン」([u]-pe-rjo-[ne])とも読めることが示唆されている<ref>Felicia Logozzo , Paolo Poccetti, Ancient Greek Linguistics: New Approaches, Insights, Perspectives, 7 November 2017, Walter de Gruyter, pages644, isbn:9783110551754, https://books.google.com/books?id=llA_DwAAQBAJ&pg=PA644</ref>。
名前の語源は不明である。