=== 赤枯病と溝腐病 ===
赤枯病とそれに引き続いて発生する[[杉の溝腐病|溝腐病]]はスギの重要な病害である。溝腐病は致命的ではないものの、病変部に著しい変形をもたらすために、木材としての価値を著しく落とす。''Cercospora sequoiae''が関与しない溝腐病も報告されており、非赤枯性溝腐病と呼ばれる。原因菌は''Phellinus punctatus''であり、[[千葉県]]特産の山武杉が特に感受性の強いことで知られている{{要出典|date=2012年1月|}}であり、千葉県特産の山武杉が特に感受性の強いことで知られている<sup>''(要出典、2012年1月)''</sup>。
=== カミキリムシ ===
スギには何種類かのカミキリムシがつき、特にその幼虫が木材を食べることで知られている。その中でも特に2種、スギカミキリ(''Semanotus japonicus'')とスギノアカネトラカミキリ(''Anaglyptus subfasciatus'')は著しい材質低下をもたらし林業的に害虫と知られていることから、生態や対策が特に研究されている<ref>柴田 叡弌 (2002) スギカミキリのスギ樹幹利用様式(<特集>穿孔性昆虫の樹幹利用様式). 日本生態学会誌52(1), pp. 59 - 62. {{doi|:10.18960/seitai.52.1_59}}</ref><ref>伊藤賢介 (2002) スギカミキリに対するスギの抵抗性反応(<特集>穿孔性昆虫の樹幹利用様式) . 日本生態学会誌52(1), pp. 63 - 68. {{doi|:10.18960/seitai.52.1_63}}</ref><ref>斎藤諦 (1960) “とびくされ”に開係のある3種のカミキリムシ. 日本林学会誌42(12), pp. 454 - 457. {{doi| : 10.11519/jjfs1953.42.12_454}}</ref>
スギノアカネトラカミキリはスギでは尾根筋に生える個体が被害を受けやすく、逆にヒノキでは谷筋に生えるものが被害を受けるという<ref>長島啓子・土田遼太・岡本宏之・高田研一・田中和博 (2014) 三重県大台町におけるスギノアカネトラカミキリ被害と立地環境および成長との関係―立地環境に基づく林業適地の抽出にむけて―. 日本森林学会誌96(6), pp. 308 - 314. {{doi|:10.4005/jjfs.96.308}}</ref>
== 人間との関係 ==
=== スギ人工林と分収林 ===
{{main|分収林}}
日本における[[人工林]]は、スギとヒノキの2樹種だけで造営面積全体の約65%を占めており、スギが450万[[ヘクタール]] (ha) で最も多く、造林面積の40%を占め、県別では秋田県が1位である{{sfn|田中潔|2011|p=108}}。トドマツとカラマツが人工林の主力樹種の北海道でも、[[道南]]の[[渡島半島]]では「道南スギ」が広く植栽され主力樹種となっている<ref>{{Cite web|url=https://www.woodplaza.or.jp/information/dounansugi.pdf|title=道南スギの利用促進に向けた検討会報告書|accessdate=2022年6月16日|publisher=北海道林業・木材産業対策協議会}}</ref>。日本の[[林業]]を支えてきた樹種であり、ヒノキよりもスギのほうが山地の中腹以下で湿った場所が生育に適し、生長量も多く経済的に有利であるなど、その他さまざまな理由でスギ人工林が増えていった{{sfn|田中潔|2011|p=108}}。スギは春に大量の花粉を生産して風に乗せて飛散することから{{sfn|田中潔|2011|p=108}}、日本で起こる[[花粉症]]の原因植物の筆頭に挙げられている。スギの人工林では、よい材を育てるために、過密林を避けて成木の間引きが行われ、これを「間伐林」という{{sfn|田中潔|2011|p=109}}。