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(絶滅危惧IA類、<ref name="oosako" />)
野外生息個体が増えるにつれて、有害鳥獣から農業被害などを防ぐための防鳥ネットや電線などの人工物にコウノトリが絡まる被害が問題化している<ref>{{cite news |url=http://www.tokyo-np.co.jp/s/article/2019010701000635.html?ref=rank |title=, 傷つくコウノトリ最多/進む野生復帰 防鳥ネット・電線に課題/17年度19羽 安全な環境づくりを |newspaper=[[東京新聞]] 夕刊 |date=, 東京新聞夕刊, 2019年1月7日 |page=6 |accessdate=, page6, 2019年1月24日 |archiveurl=, https://web.archive.org/web/20190124203655/http://www.tokyo-np.co.jp/s/article/2019010701000635.html?ref=rank |archivedate=, 2019-01-24}}</ref>。2018年8月28日に茨城県[[小美玉市]]下玉里共栄のハス田で防鳥ネットに絡まっているコウノトリ1匹が保護された。8月30日に死亡が確認された。2018年8月28日に茨城県小美玉市下玉里共栄のハス田で防鳥ネットに絡まっているコウノトリ1匹が保護された。8月30日に死亡が確認された<ref>{{Cite web |url=https://www.wbsj-ibaraki.jp/?topic=topic-4 |title=, 今春 野田生まれのコウノトリ 小美玉市のハス田で保護 |website=, WBSJ Ibaraki |publisher=, 日本野鳥の会茨城県 |accessdate=, 2019-03-29}}</ref>。
日本では1885年に[[恩賜上野動物園]]で飼育された記録(以後は少なくとも1923年・1935年にも)がある<ref name="komiya_b" />。同種とされていたヨーロッパコウノトリ(基亜種シュバシコウ)と比較すると、闘争によって死亡することがありペア形成および飼育下での繁殖が難しいとされる<ref name="komiya_b" />。

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