その後、[[八十梟帥]]や兄磯城を討った皇軍と再び戦うことになる。このとき、金色の鳶が飛んできて、神武天皇の弓弭に止まり、長髄彦の軍は眼が眩み、戦うことができなくなった。『日本書紀』神武紀には、この時の様子を次のように記している。
<blockquote>ruby-ja|皇師|みいくさ}}遂に長髄彦を{{ruby-ja|撃|う}}つ。{{ruby-ja|連|しきり}}に戦ひて{{ruby-ja|取勝|か}}つこと{{ruby-ja|能|あた}}はず。時に{{ruby-ja|忽然|たちまち}}にして{{ruby-ja|天|ひ}}{{ruby-ja|陰|し}}けて{{ruby-ja|雨氷|ひさめ}}ふる。乃ち{{ruby-ja|金色|こがね}}の{{ruby-ja|霊|あや}}しき{{ruby-ja|鵄|とび}}有りて、飛び来りて{{ruby-ja|皇弓|みゆみ}}の{{ruby-ja|弭|はず}}に止れり。其の{{ruby-ja|鵄|とび}}{{ruby-ja|光|ひか}}り{{ruby-ja|曄煜|てりかかや}}きて、{{ruby-ja|状|かたち}}{{ruby-ja|皇師(みいくさ)遂に長髄彦を撃つ。連(しきり)に戦ひて取勝(か)つこと能(あた)はず。時に忽然(たちまち)にして天(ひ)陰(し)けて雨氷(ひさめ)ふる。乃ち金色(こがね)の霊(あや)しき鵄(とび)有りて、飛び来りて皇弓(みゆみ)の弭(はず)に止れり。其の鵄(とび)光り曄煜(てりかかや)きて、状(かたち)'''流電|いなびかり}}の如し。是に由りて、長髄彦が{{ruby-ja|軍卒|いくさのひとども}}、皆迷ひ{{ruby-ja|眩|まぎ}}えて、{{ruby-ja|復|また}}{{ruby-ja|力|きは}}め戦はず。{{ruby-ja|長髄|ながすね}}は{{ruby-ja|是|これ}}{{ruby-ja|邑|むら}}の{{ruby-ja|本|もと}}の{{ruby-ja|號|な}}なり。因りて{{ruby-ja|亦|また}}以て人の名とす。{{ruby-ja|皇軍|みいくさ}}の、鵄の{{ruby-ja|瑞|みつ}}を得るに乃りて、{{ruby-ja|時人|ときのひと}}{{ruby-ja|仍|よ}}りて{{ruby-ja|鵄邑|とびのむら}}と{{ruby-ja|號|なづ}}く。今{{ruby-ja|鳥見|とみ}}と云ふは、{{ruby-ja|是|これ}}{{ruby-ja|訛|よこなば}}れるなり。(岩波日本古典文学大系)'''(いなびかり)の如し。是に由りて、長髄彦が軍卒(いくさのひとども)、皆迷ひ眩(まぎ)えて、復(また)力(きは)め戦はず。長髄は是(これ)邑(むら)の本(もと)の號(な)なり。因りて亦(また)以て人の名とす。皇軍(みいくさ)の、鵄の瑞(みつ)を得るに乃りて、時人(ときのひと)仍(よ)りて鵄邑(とびのむら)と號(なづ)く。今鳥見(とみ)と云ふは、是(これ)訛(よこなば)れるなり。(岩波日本古典文学大系)</blockquote>
ここに長髄の名前が地名に由来すると記されているが、その一方で鳥見という地名が神武天皇の鳶に由来すると記されている。さてその後、長髄彦は神武天皇に「昔、天つ神の子が[[天磐船]]に乗って降臨した。名を[[邇芸速日命|櫛玉饒速日命]]という。私の妹の[[ミカシキヤヒメ|三炊屋媛]]を娶わせて、可美真手という子も生まれた。ゆえに私は[[邇芸速日命|饒速日命]]を君として仕えている。天つ神の子がどうして二人いようか。どうして天つ神の子であると称して人の土地を奪おうとしているのか」とその疑いを述べ、主君が天つ神の子である証拠として、[[天羽々矢|天の羽羽矢]]と步靫(かちゆき)を見せた。天皇が同じ物を見せると長髄彦は恐れ畏まったが、改心することはなかった。そのため、間を取り持つことが無理だと知った[[邇芸速日命|饒速日命]]に殺された。