雌雄同株。3月から4月に開花する<ref>田中潔, 2011, p109</ref>。雄花は長さ5(mm) くらいの楕円形で前年の枝先に密生する<ref>田中潔, 2011, p109</ref>。雌花はほぼ球形で鱗片が密着し表面に小さな棘が出る。果期は10月<ref>田中潔, 2011, p109</ref>。雄花の冬芽は楕円形の裸芽で、枝先に多数つく<ref>鈴木庸夫・高橋冬・安延尚文, 2014, p245</ref>。雌花の冬芽は球形で多数の鱗片に包まれ、1個ずつつく<ef>鈴木庸夫・高橋冬・安延尚文, 2014, p245</ref>。
[[葉]]は基部が枝に密着してらせんを描いてつき、葉身は先端が尖った鎌状の針形で{{sfn|葉は基部が枝に密着してらせんを描いてつき、葉身は先端が尖った鎌状の針形で<ref>平野隆久監修 永岡書店編|, 1997|p=286}}、枝全体としては一面に上向きの針を並べたようになる。[[表日本]]([[太平洋]]側)に分布する個体群と[[裏日本]]([[日本海]]側)に分布する針葉をはじめとする各部の形態が違うことはしばしば指摘され, p286</ref>、枝全体としては一面に上向きの針を並べたようになる。表日本(太平洋側)に分布する個体群と裏日本(日本海側)に分布する針葉をはじめとする各部の形態が違うことはしばしば指摘され<ref>[[四手井綱英]] (1957) 大阪営林局管内の天然生スギの系統の分布について. 日本林学会誌39(7), pp. 270 - 273. {{, doi|:10.11519/jjfs1953.39.7_270}}</ref>、分布地からそれぞれオモテスギ(表杉)、ウラスギ(裏杉)などと呼ばれる。ウラスギについては植物学者の[[中井猛之進]] 、分布地からそれぞれオモテスギ(表杉)、ウラスギ(裏杉)などと呼ばれる。ウラスギについては植物学者の中井猛之進 (1882 - 1952) が名付けたアシウスギ(芦生杉)という名前もよく使われる。これは[[京都大学]]の[[京都大学フィールド科学教育研究センター森林ステーション芦生研究林|芦生研究林]]で標本を採取したことに由来する。両者は別種ではないが変種程度の差があるとされ、中井はアシウスギに対し が名付けたアシウスギ(芦生杉)という名前もよく使われる。これは京都大学の芦生研究林で標本を採取したことに由来する。両者は別種ではないが変種程度の差があるとされ、中井はアシウスギに対し ''Cryptomeria japonica'' (L.fil.) D.Don var. ''radicans'' Nakai と変種名を与えている。
針葉の形状以外では樹形、樹冠の形状、葉横断面の形状<ref>高桑進・米澤信道・綱本逸雄・宮本水文 (2010) 日本列島におけるスギの分布状況と針葉の形態変化について. 京都女子大学宗教・文化研究所研究紀要23 {{hdl|11173/1936}}</ref>、花粉重量<ref>齋藤秀樹・竹岡政治 (1987) 裏日本系スギ林の生殖器官生産量および花粉と種子生産の関係. 日本生態学会誌37(3), pp. 183 - 185. {{doi|10.18960/seitai.37.3_183}}</ref>など様々な違い<ref>遠山富太郎 (1960) オモテスギとウラスギについて. 島根農科大学研究報告8, pp. 141 - 149. {{naid|120005584288}}</ref>