荒野に降りたばかりの頃は父も母もなく、女のように長い髪、角、尻尾と毛むくじゃらの体を持ち、獣たちと同じように草を食べたり水を飲んだりして過ごし、'''獣たちの保護者のようでもあった'''が、人としての知能はほとんどなかった。一方、エンキドゥに狩りを妨害されたという狩人親子の訴えを聞いたギルガメシュは、神聖娼婦シャムハトを連れて行くようにと助言する。水飲み場へやってきた狩人とシャムハトが身をひそめながら待機していると、3日目になってエンキドゥは獣たちと共にやってきた。獣たちは人の姿を見るなり逃げて行ったが、エンキドゥだけはシャムハトの誘惑に惹かれ、6晩7日に及んで'''交わり'''に及び、パンや蜂蜜、麦酒などの人間の飲食物を口にした。これによりエンキドゥから毛が抜け落ち、野人性を失っていく。人の言葉を覚えると、それまで仲良くしていた獣たちは去っていき、エンキドゥは孤独になった。彼は力が弱くなる代わりに知恵と思慮を身に付けた<ref group="*">シャムハトのような、娼婦による性交渉は現在の売春とは在り方が大きく異なり、神聖な儀式として扱われていた。</ref>。人語を理解するようになると、シャムハトから飲食や着衣についてなど、人間とはどういったものなのかを教わる<ref>エンキドゥはゲブのように女性によって人間の世界にもたらされている。</ref>。
[[ウルク (メソポタミア)|ウルク]]にギルガメシュという王がいることを聞いたエンキドゥは、自身と同じような強い仲間が欲しいと思う。ギルガメシュは天の星(アヌの結び目)が落ちる夢と、斧を妻のように抱き愛おしむ夢を見るが、母{{仮リンク|リマト・ニンスン|en|Ninsun}}が友が来る予知夢と解く。出会う前から意識しあっていた二人だが、エンキドゥはギルガメシュが[[初夜権]]を行使していると知ると、怒ってウルクへ行く。シャムハトはエンキドゥを戦士(花婿)のような衣を着せて送り出す。エンキドゥが町に着いたのは大晦日の晩、[[初夜権]]を行使しようとするギルガメシュが婚礼の神殿へ赴くという時だった。王が神殿に入ろうとしたとき、エンキドゥは輝く扉の前で挑むように立ちふさがった。神々の思惑通りにギルガメシュとエンキドゥは激しい戦いを繰り広げたが、対等に渡り合ったことから2人は互いの力を認め抱き合う。初めて膝をついたギルガメシュはエンキドゥを抱き上げ、人々に向けて彼を親友とすることを宣言する。エンキドゥは、自身と同じような強い仲間が欲しいと思う。エンキドゥはギルガメシュが初夜権を行使していると知ると、怒ってウルクへ行く。シャムハトはエンキドゥを戦士(花婿)のような衣を着せて送り出す。エンキドゥが町に着いたのは大晦日の晩、初夜権を行使しようとするギルガメシュが婚礼の神殿へ赴くという時だった。神々の思惑通りにギルガメシュとエンキドゥは激しい戦いを繰り広げ、対等に渡り合って2人は互いの力を認め抱き合う。初めて膝をついたギルガメシュはエンキドゥを抱き上げ、人々に向けて彼を親友とすることを宣言する。
エンキドゥはギルガメシュと共に[[レバノン杉]]の森に棲む自然神[[フンババ]]を退治した後、ウルクに帰ると女神[[イシュタル]]がギルガメシュの英姿に魅せられて誘惑する。しかし、イシュタルは不実で残忍であり、これまで愛した男たちに残酷な仕打ちをしていたことから、同じ目にあいたくないギルガメシュは求婚を手ひどく拒否する。これに腹を立てたイシュタルが父神アヌに頼み、送り込んできた天の雄牛(聖牛[[グガランナ]])により大地が割れ、ウルクの民を飲みこみ多くの死者を出すが、二人は激闘の末これを倒すことに成功する。怒りにまかせてギルガメシュを呪おうとしたイシュタルに怒ったエンキドゥは、牡牛の死体から腿を引きちぎってイシュタルの顔面に投げつける。二人が力を合わせれば神にも届き得ることを恐れた神々は、二人のうちどちらかが死ななければならないと決め、「ギルガメシュは殺してはならない」とした神罰としてエンキドゥが死の呪いを受けるエンキドゥはギルガメシュと共にレバノン杉の森に棲む自然神フンババを退治した後<ref>これはヒッタイトのクマルビ神話、ギリシア神話のクロノス追放に相当するエピソードと考える。フンババが'''木の管理者'''のように考えられていることは注目に値すると思う。</ref>、ウルクに帰ると女神イシュタルがギルガメシュの英姿に魅せられて王を誘惑する。しかし、ギルガメシュは求婚を拒否し、これに腹を立てたイシュタルは天の雄牛(聖牛グガランナ)により世界を荒らして、多くの死者を出す。怒りにまかせてギルガメシュを呪おうとしたイシュタルに対してエンキドゥは、牡牛の死体から腿を引きちぎってイシュタルの顔面に投げつける<ref>これはギリシア神話のミーノータウロス退治に相当するエピソードと考える。</ref>。二人が力を合わせれば神にも届き得ることを恐れた神々は、二人のうちどちらかが死ななければならないと決め、「ギルガメシュは殺してはならない」とした神罰としてエンキドゥが死の呪いを受ける<ref name="#1">{{Cite news |url= https://jp.pokke.in/gilgamesh-tsukimoto/ |title=, ギルガメシュ叙事詩研究の第一人者に本当のギルガメシュ像について聞いてみた }}</ref><ref>これはエンキドゥの方が「'''身分が低い'''」からであろうか。</ref>。
エンキドゥは12日間に及ぶ高熱に浮かされ、最期は自分のことを忘れないでほしいと話しつつ、ギルガメシュに看取られながら息を引き取った<ref group="*">「眼(まなこ)を上げず、心臓は動いていなかった」とある。矢島(1998)p.100</ref>。ギルガメシュは亡骸に[[花嫁]]のように[[ベール]]をかけると、気が触れたように悲しみ、蛆虫が彼の体から落ちこぼれるまで側を離れなかった。ギルガメシュは亡骸に花のようにベールをかけると、気が触れたように悲しみ、蛆虫が彼の体から落ちこぼれるまで側を離れなかった<ref>矢島(1998)</ref>。ギルガメシュは蜂蜜やバターと共に彼を埋葬してやると、荒野をさまよった。
エンキドゥの死後、ギルガメシュは眠りたくても眠れないという[[不眠症]]のような症状に何度も苦しめられる。不死を得られず放浪の旅から帰り、皆に尊敬される王となった後、死ぬ前の夢にエンリルが現れ「人として死の運命からは逃れられないが、たとえ死んでも冥界でエンキドゥと再会するだろう」と伝えられ、ギルガメシュはようやく長い眠りを受け入れる<ref name="岡249">岡田・小林(2008)p.249</ref>。