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[[ハプログループD (Y染色体)|ハプログループD]]はハプログループ[[ハプログループD1a1 (Y染色体)|D1a1]](D-Z27276)、[[ハプログループD-M64.1 (Y染色体)|D1a2]](D-64.1)に分類され、更に細かな分類も存在する。[[ハプログループD-M64.1 (Y染色体)|ハプログループD1a2]]は今より約45,000年前から約21,000年前までの間に日本列島にて発生したと推定される型である。その他のハプログループも同様に細分化された区分が存在し地域ごとに特有の型も存在する。